El alma de Shinji ha quedado destrozada a causa de la lucha contra elángel. La pérdida de Touji le hace replantear seguir en Nerv y se niega avolver a subir al Eva-01. Cuando su decisión ya parece irreversible, laintervención de Kaji resultará esencial. La conversación que mantienecon Shinji nos revela su oscuro pasado y también los auténticos interesesde las organizaciones Nerv y Seele.